进行药物流产的仅限于怀孕49天内的妇女，此时子宫内有两种妊娠组织，一种是胎囊，将来胎儿在这里长出；另一种是蜕膜。药物流产的目的就是阻止胎囊在宫腔中继续生长发育，并通过子宫收缩将其排出体外。
　　
　　药物流产过程中如果见到胎囊排出，就可以认为堕胎基本完成。但是，由于附着在子宫内壁上的蜕膜还没有完全随胎囊排出，因此子宫的收缩受到影响，出血不会马上停止。一般地，药物流产胎囊排出后的出血天数平均为18天，引起出血时间长的原因可能是蜕膜剥脱不完全，影响子宫收缩止血；或是胎囊排出不完整，导致不全流产；少数病人为药物流产术后感染，出现子宫内膜炎症所引起。
　　
　　如果在胎囊排出两周以后出血仍未停止，需要进行尿妊娩化验及B超检查，诊断为不全流产者就应该做清宫术。如果出血不止因蜕膜剥脱不全所致，但就诊时出血不多，可以通过服药或注射催产素促进子宫收缩，以排出剩余的蜕膜组织。
　　
　　有些患者认为，治疗药物流产后出血淋漓不净，只要服用安络血、止血敏等止血药就可以了。没想到还是没有达到预期效果。因为止血药是通过改变体内凝血机制而达止血目的，并不能将宫腔内的残留物排出体外，因此不能从根本上解决问题。只有当子宫腔内的胚胎组织基本排净，子宫收缩良好时，出血才会停止。
　　
　　值得注意的是，药物流产的妇女有时会突然出现出血明显增多，可能是月经量的几倍，并伴有大血块，这是因为胚胎组织剥脱、排出不畅造成的，此时需要立即去医院就诊，采取清宫术止血。
　　
　　由于药物流产出血时间较长，宫颈口松驰，会给细菌的滋生及逆行感染提供机会。因此，如果阴道出血超过7天，应服用抗生素3～5天预防感染。
　　
　　药物流产后的阴道出血有时也会时断时续，患者不要因为阴道没有出血就认为可以游泳，进行性生活，这是不对的。无论是药物流产还是手术流产，游泳、性生活都应该在来过一次月经后再进行。否则，都有可能导致盆腔炎症的发生。